共和政府，与民军协商统一办法”为根据，宣布组织“临时共和政府”，自称“全权组织临时共和政府”首领，并将他原内阁中的各部大臣，改称为各部首脑。所发布告云：政府机关不容有一日之间断，现值组织临时政府，所有旧日政务目下仍当继续进行。现有内外大小文武各项官署人员，均照旧供职。
孙中山不希望见到的事情最终成了现实：清廷与袁世凯之间进行了国家权力的私相授受，北京出现了一个继承清政府并且企图吞并南京政府的“临时政府”。然而，事态如此发展，几乎是必然的——既然南方各省要依靠袁世凯的力量结束清王朝，怎么能够指望袁世凯不从清王朝手里取得政权？又怎么能够阻止袁世凯在北方成立与南京政府相对立的政权呢？孙中山只能委婉提出异议：共和政府不能由清帝委任组织，若果行之，恐生莫大枝节。执事（指袁世凯）明于理势，当必知此。
袁世凯强硬作答说，他暂时羁绊北方，是因北方“危机隐伏”，他要保护“全国半数之生命财产”。“现在北方各省军队暨全蒙代表，皆以函电推举为临时大总统。清帝委任，无足再论”。就是说，袁世凯受北方各省军队暨全蒙代表推举为临时大总统，既不是清帝的委任，也不一定要靠南京的选举。
尽管如此，孙中山仍践前言，向南京临时政府参议院递交了辞去中华民国临时政府大总统职务的辞呈，同时，送交了举荐袁世凯为临时大总统的咨文。为了保证南京政府是为统一的全国政权机构，孙中山举荐袁世凯的咨文在强调新总统必须遵守《中华民国临时约法》的前提下，严正声明：临时政府设于南京为各省代表所定，不能更改，袁世凯须离开北方老巢到南京就职，届时原临时大总统及国务员方行解职。这里，孙中山把“辞职”和“解职”分成两码事。虽然他辞职了，但并没有“解职”，袁世凯到南京就职以前，以他为首的南京临时政府仍然存在。
2月14日，参议院选举袁世凯为中华民国临时政府大总统，随即电告袁世凯，称他为“世界之第二华盛顿，中华民国之第一华盛顿”，务请驾临南京参议院受职，孙中山亦表示派专使北上迎接。
袁世凯如愿以偿，立即以临时大总统取代了自封的临时共和政府首领头衔，对内对外文告中自称“新举临时大总统”，并在北京成立了临时政府筹备处。南京政府虽然宣布庆祝南北统一，但事实上南京和北京各自存在着一个临时政府，南京政府并没有统一全国，在已经宣布共和的各省中，南京政府也不能统一行使政权，孙中山虽未“解职”，却已是辞了职的临时大总统，他的政府在等待着袁世凯来接收。袁世凯一方面接受了清王朝的政权，控制着北方各省军队，一方面又被革命阵营推戴为临时大总统，全部优势到了他手里。他坚决不赴南京就职。后来袁世凯对亲信回忆说：南中欲以虚荣厚礼诱吾就彼范围，此调虎离山之计。施于他人，宁不如愿？若尝试于我，夫亦太不自量力矣！岂真三十老娘，今日竟至倒绷孩儿哉！
袁世凯拒绝南下的借口是，如若他离开北京，“一切变端立现”。他并争取各国驻京公使，得到“临时政府必须设在北京，否则不予承认”的承诺。孙中山则致电袁世凯，说明首都不设北京、暂设南京是为打消世人有“宫庙未改之嫌”、“城社尚存之感”。请袁世凯另举他人给予镇守北方全权，维持北方秩序，即速南下赴宁。同时委派教育总长蔡元培为专使，外交次长魏宸组、参谋次长钮永建、法制局长宋教仁、汪精卫等人组成欢迎使团，偕同唐绍仪前往北京，催迫袁世凯南下。
临时大总统（2）
袁世凯一面盛大欢迎专使，“恳谈”南下问题，口称“极愿早日南行”，说安排好留守人选马上动身；一面在2月29日晚北京市民庆祝中华民国成立及欢迎南京专使提灯游行时，唆使其亲信部下曹锟部驻禄米仓的北洋步兵辎重队与驻朝阳门外的炮队发生哗变。变兵里应外合，打开朝阳门，乱放枪炮、高喊狂呼：“袁宫保要走，我们没人管了，抢啊！”他们骚扰专使，烧杀劫掠商民，据统计，京城内外共有4600多家商铺被抢，史称“北京兵变”，又称“禄米仓兵变”。紧接着，天津、保定也发生兵变。帝国主义列强立刻配合行动，借口保护使馆和侨民，出动京津驻军，增派军队进京，日本军队且在秦皇岛登陆。造成只要袁世凯一离开北京，“内忧外患”即刻到来，非由袁世凯坐镇北京不足以稳定北方的形势。
袁世凯藉势致电孙中山，意在迫其迁就。孙中山则表示要率兵北上支援。袁世凯立时慌了手脚，复电说“该兵匪等事后尽数溃走，绝无政治上意见”，经过弹压地面、抚恤商人等，“现人心已定，秩序渐次恢复”，“毋庸远劳军旅，请停止出发”。同时通电全国，表示：
专使到时，决意南下，组织临时政府，统一南北，用慰国民之厚望。今遇此变，实行维艰，公等幸谅。且驻京外交团及吾国驻外各代表等均云，方今欲巩固民国，保全共和，舍速建立统一政府，想全国心理，均表同情。因兹政变，南行无期，组织政府，势必从缓，凯实焦灼万状。
混乱中从驿馆被迫躲到外国友人家里的迎袁专使蔡元培，没有想到这一切都是袁世凯一手导演的（后任民国总理的唐绍仪在回忆录中披露了事实真相：兵变时，唐绍仪连夜去见袁世凯。二人坐下正要说话，曹锟戎装革履、排门闯入，报告说：大总统！昨奉大总统密令，兵变之事，已办到矣！袁世凯见曹锟说漏，当即啐骂：胡说！滚出去！），3月2日，将北方“兵变”、列强干涉恐不可免、袁世凯不能南下等情急电南京，以速建统一政府为当前最要问题，请对袁迁就。
孙中山被迫再次妥协退让。3月6日，参议院通过了统一政府组织办法六条，允许袁世凯在北京就职。4月1日，孙中山正式解除临时大总统职务。4月5日，临时参议院议决临时政府迁往北京，南京政府终至解散。事态遂沿着袁世凯的意愿发展——清王朝取消以后，南京政府也一并取消。
1912年3月10日，袁世凯身着大礼服，在北京就任临时大总统。宣读誓词如下：
民国建设肇始，百凡待治。世凯深愿竭其能力，发扬共和之精神，涤荡专制之瑕秽，谨守宪法，依国民之愿望，蕲达国家于安全强固之域，俾无大民族同臻乐利。凡兹志愿，率履勿渝！俟召集国会，选定第一期大总统，世凯即行解职。仅掬诚悃，誓告同胞。
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独裁大总统（1）
袁世凯当上了民国临时大总统，虽然口口声声赞成共和，但他实际上始终认为，中国不具备实行民主政治的条件，共和不适合中国国情，根本行不通。他曾说：共和主义不过起于一二党魁之议论，非真为人民所主持。余深信国民中有十分之七系守旧分子，愿拥戴旧皇室，进步一派不过占十分之三耳。若今次革命推倒清室，将来守旧党必又起而革命，谋恢复帝制。似此国中扰乱不已，人人将受其害。数十年间，中国将无太平之日矣。
他甚至认为，中国数百年来号称专制，其实专制并不完善。于是，就职伊始，便极力加强专制独裁统治。
首先是破坏责任内阁。袁世凯就任民国临时大总统后，经其提名、参议院通过，任命僚属唐绍仪为内阁总理，唐绍仪提名各部总长。10名阁员中有4名为同盟会员，尽管他们只占司法、教育、农林、工商4个被称为“冷衙门”的部门，然加上唐绍仪后来也加入了同盟会，此届内阁仍被人们称为“同盟会内阁”。袁世凯发现，责任内阁成了他施政的阻力与障碍，事事都要通过内阁，重###令必须经国务员副署才能生效，原以为能言听计从的唐绍仪也发生了变化，主张与同盟会合作，强调遵守约法、对国家负责，发挥责任内阁的作用。于是，袁世凯故意架空唐绍仪，指使内务总长赵秉钧等不服从唐绍仪的领导，处处刁难排挤唐绍仪，直至使唐绍仪及同盟会国务员全体愤然辞职。教育总长蔡元培、司法总长王宠惠、农林总长宋教仁、署工商总长王正廷（总长陈其美未到任），于6月21日、22日两次联袂辞职，袁世凯不准。7月初，四人又赴总统府向袁世凯面辞。袁世凯道：“我代表四万万人挽留总长。”蔡元培答：“元培亦对四万万人之代表而辞职！”同盟会阁员坚辞，正合袁世凯心意，加之财政、交通总长也已辞职，袁世凯便任命亲信赵秉钧代理国务总理，采用威逼恐吓之法迫使参议院通过补充阁员名单。赵秉钧上任后，对公文概不批示，一切事务均直接请示袁世凯办理，责任内阁完全成为临时大总统袁世凯的附属机关。
其次是镇压国民党。1912年，孙中山将所领导的同盟会改组为国民党，并试图组织政党内阁，对袁世凯的权力加以限制。因此，袁世凯把国民党视为实行集权的最大障碍，策动北洋军警干涉政治，逼迫国民党人退出内阁，裁减南方各省的革命军队。国民党争取参众两院多数席位、组织政党内阁的活动中，宋教仁首当其冲。宋教仁字钝初，号渔父，湖南桃源人，是实际主持国民党的代理理事长（孙中山为理事长）。他认为共和国家必须实行政党内阁，国民党必须争取议会多数。在他和国民党人的共同努力下，参众两院的初选和复选，国民党获得占压倒多数的席位，成为国会中的第一大党。1913年3月20日，宋教仁拟乘火车离沪北上，晚10时，在上海车站突遭凶徒枪击，因伤势过重抢救无效逝世，年仅三十二岁。去世前，宋教仁口述致袁世凯遗电：愿大总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国会确立不拔之宪法。
宋教仁惨遭暗杀，震惊全国，强烈要求查拿凶手，国民党更深知此“非仅二�